Fue fundado en el año 1963, y compite en la NIFL Championship, segunda categoría del fútbol norirlandés.
En la temporada 2006-07 dirigidos por Niall Currie llegaron a la final de la Copa Mid-Ulster contra el club local Newry City AFC y la semifinal de la Copa Intermedia irlandesa contra Coagh United FC.
También se determinó que la NIFL contrataría una consultoría independiente de datos sobre fútbol para recomendar y aplicar un modelo matemático con el fin de determinar la clasificación final en cada división.
Annagh entraría en el play-off de ascenso por un lugar en la NIFL Premiership contra sus vecinos del Portadown FC en lo que fue un logro notable para un club como Annagh, que nunca antes había estado en esta posición.
Los 2 partidos atraerían grandes multitudes y dieron lugar a que Portadown FC ganara 3-2 en el BMG Arena y 1-0 en Shamrock Park en el partido de vuelta para mantener la categoría.