En marzo de 2006, Schubert comenzó su trayectoria como técnico profesional dirigiendo al equipo filial del SC Paderborn 07.

En mayo de 2009, se hizo cargo del primer equipo, logrando 4 victorias que le permitieron ascender a la 2.

Posteriormente, en junio de 2015, llegó al banquillo del Borussia Mönchengladbach II.

[4]​ Sin embargo, en septiembre de 2015, tuvo que tomar las riendas del primer equipo del Borussia Mönchengladbach de forma provisional para sustituir al dimisionario Lucien Favre.

[6]​ La buena racha continuó y el Borussia Mönchengladbach llegó a situarse en la primera mitad de la clasificación de la Bundesliga, por lo que el club confirmó a Schubert hasta 2017.

[10]​ No obstante, el Borussia Mönchengladbach terminó la temporada con buena nota al obtener el 4.º puesto en la Bundesliga 2015-16.