Vuelto a Salamanca, enseñó teología por espacio de unos treinta años.

También ocupó cargos de gobierno en su Orden y asistió al Capítulo general celebrado en Asís en 1526.

Aunque entregado a la cátedra y a la pluma, fue un consumado predicador, con fama de profundo, fogoso y elegante, tanto en España como en Europa, sobre todo donde había españoles: Países Bajos, Alemania, Francia y también Inglaterra con el dominico Bartolomé Carranza para restablecer la unidad de la Iglesia católica.

Alfonso de Castro publicó obras importantes, editadas repetidas veces, en las que muestra una gran entereza e independencia de criterio ante autores y escuelas.

Expone los caminos para devolverlo a la fe, las penas del «contumaz» y las causas socioreligiosas de las herejías.