En 1894 Yersin fue enviado por pedido del gobierno francés y del Instituto Pasteur a Hong Kong, para investigar la epidemia de peste declarada en Manchuria que se extendía progresivamente, y allí, en una pequeña cabaña cercana al instituto junto con su codescubridor Kitasato Shibasaburo, hizo su gran descubrimiento del patógeno causante de la enfermedad.

También fue capaz de demostrar por primera vez que el mismo bacilo estaba presente en la enfermedad del roedor al igual que en la del humano, así subrayando la posible vía de transmisión.

[6]​ Pocos días después Yersin publicó su artículo donde describía de forma más completa que Shibasaburō la misma bacteria,[5]​ y poco después Shibasaburō publicó el resto de sus hallazgos.

Con este propósito, obtuvo en 1897 una concesión del gobierno para establecer una estación agrícola en Suoi Dau.

Tras la independencia del país, las calles llamadas en su honor mantuvieron su nombre, y su tumba en Suoi Dau fue adornada con una pagoda en la que se realizaban ritos en su culto.