Después tuvo periodos irregulares y desapareció un buen tiempo del primer equipo hasta el Clausura 2008 donde que solo jugó 1 partido con Sergio Markarián al mando de la máquina.

Tras estar 6 años en Cruz Azul el equipo no requirió más de sus servicios y fue cedido a préstamo para el Torneo Clausura 2012, con Estudiantes Tecos, jugó todos los partidos como titular bajó la dirección técnica de Héctor Hugo Eugui desempeñándose como defensa central o lateral junto a los veterano Duilio Davino y Juan Carlos Leaño.

Después del descenso de Estudiantes Tecos, y al no pagar la cantidad que pedía el Cruz Azul, el jugador se reintegró al equipo cementero para el Apertura 2012 ya con el nuevo DT Guillermo Vázquez quien lo utilizó como defensa central, siendo el artífice de la debacle de Cruz Azul en la final del Clausura 2013, en contra del América, ya que en dicho partido metió un autogol en el minuto 93 que mandó el partido a tiempo extras y posteriores penales, ya en la tanda de penales se resbaló y mandó su ejecución por arriba del travesaño, después de dicho encuentro su química con la afición cementera cayó, al grado de ya no ser utilizado por el entrenador Luís Fernando Tena.

En el 2007 Jesús Ramírez lo convoca para la Copa Mundial de Fútbol Sub-20, Alejandro jugó un solo partido, enfrentando a la Selección neozelandesa en este encuentro México ganó 2 por 1.

interino de la Selección mayor Jesús Ramírez, en el 2008, la inclusión de Alejandro Castro Flores a la selección mayor generó mucha polémica, toda vez que no había jugado un minuto en la primera división nacional mexicana.