Fue nombrado en el mejor quinteto de la Big East Conference como sénior y júnior, además de All-American, y formó parte del combinado norteamericano que asistió a los Goodwill Games de 1994, donde promedió 10.2 puntos y 7.2 rebotes por encuentro.

Fue seleccionado en el 16.º puesto del Draft de 1995 por Atlanta Hawks, disputando 79 partidos en su primera temporada y promediando 6.4 puntos y 4.5 rebotes en 17.9 minutos de juego.

En su tercera campaña en los Hawks ganó el premio al Jugador Más Mejorado de la NBA tras aportar 14.3 puntos, 6.4 rebotes y 29 minutos en 69 partidos, 33 de ellos como titular, aumentando sus números de la temporada pasada, que fueron 6.6 puntos y 3.9 rebotes por noche.

En su mejor año en la NBA, Henderson además anotó 39 puntos a Philadelphia 76ers (con 16/21 en tiros), su récord personal.

Durante esa temporada, fue traspasado a Milwaukee Bucks por Keith Van Horn pero inmediatamente cortado y repescado por los Mavericks.