El Congreso también puede designar ciertas agencias explícitas como "independientes" en el estatuto rector, pero las diferencias funcionales tienen un significado de mayor alcance jurídico.
Comúnmente existen disposiciones estatutarias que limitan la autoridad del Presidente para destituir a los comisionados, por lo general puede se por incapacidad, negligencia en el trabajo, malversación, u otra causa justificada.
En algunos casos famosos, Presidentes han tratado con agencias independientes más leales a sus ideas y a su vez con los deseos del Presidente y con objetivos políticos que algunos disidentes entre los nombramientos políticos de la agencia ejecutiva.
El Congreso puede, sin embargo, pasar estatutos que limitan las circunstancias bajo las cuales el presidente puede destituir a los comisionados de las agencias independientes.
Los miembros del Congreso no pueden prestar servicio como comisionados sobre las agencias independientes que poseen poderes ejecutivos, ni tampoco puede el Congreso nombrar a los comisionados, la Cláusula de Nombramientos de la Constitución confiere ese poder al Presidente.