Depende directamente del comisario europeo de Medio Ambiente, Océanos y Pesca y está adscrita a la Dirección General de Asuntos Marítimos y Pesca de la Comisión.
Está asistida logísticamente por Frontex, ya que la AECP a veces no tiene los medios propios suficientes.
Por lo tanto, depende de la Dirección General de Pesca y Asuntos Marítimos de la Unión Europea, que es el órgano político, mientras que la Agencia es sólo el órgano técnico y administrativo.
Fue inaugurada oficialmente el 19 de julio siguiente, con la firma del acuerdo entre España y la Agencia.
La decisión de ubicar la sede en la ciudad de Vigo se hizo en reconocimiento al liderazgo del puerto vigués como primer puerto europeo, tanto en cantidad de pesca desembarcada, como en industria.