A Perfect Circle ha editado cuatro álbumes: Mer de Noms, Thirteenth Step, eMOTIVe y Eat the Elephant.

Además, han lanzado un CD/DVD llamado aMOTION, que contiene trece videoclips y una serie de remezclas hechas por Danny Lohner.

La banda no ha grabado, ni editado ningún material de larga duración desde que decidieron tomarse un descanso en 2004.

Tres años después, Keenan ofreció a Howerdel, quien buscaba alojamiento, un sitio en su casa de Hollywood, Los Ángeles.

[7]​ Al poco se les unieron la bajista y violinista Paz Lenchantin, el exguitarrista de Failure Troy Van Leeuwen, y el antiguo batería de Primus, Tim Alexander.

Después de algunos espectáculos en Los Ángeles, entraron al estudio para comenzar a trabajar en su álbum debut.

[9]​ Howerdel llevaba trabajando en algunas de las piezas, como las pistas "Hollow" y "Breña", desde 1988.

Inicialmente, comenzaron como teloneros de Nine Inch Nails en su gira Fragility v2.0 del año 2000, aunque poco después comenzaron una gira mundial como cabezas de cartel, incluyendo el festival canadiense Summersault.

Se extrajeron tres sencillos del álbum: "Judith", "3 Libras" y "The Hollow".

[17]​ En la reseña del álbum de la revista Rolling Stone, Pat Blashill escribió que Keenan "añade una angustia casi operística a las canciones de Howerdel" y concluyó diciendo que "A Perfect Circle suena como un sueño desesperado de lo que el rock solía ser.

Este hecho hizo que los miembros de la banda se dedicasen a otros proyectos.

[24]​ Este nuevo sonido es audible en los tres sencillo extraídos del álbum: "Weak and Powerless", "The Outsider" y "Blue".

La reseña de Allmusic aseguró que "tiene un sonido con una madurez a nivel musical y lírica que normalmente no ocurre hasta el tercer o cuarto álbum de una banda".

Music expresó que "tiene sus momentos de himno, pero la verdadera pasión rebosa en las temperamentales oberturas donde el peligro amenazante se siente muy cerca".

[30]​ La canción permaneció sin publicar hasta su aparición en Emotive con el nuevo título "Passive".

La pista "Counting Bodies Like Sheep" se utilizó para el tráiler de la película The Taking of Pelham 123, mientras que la canción "The Outsider" (Apocalypse Mix) se usó en el tráiler de Resident Evil: Afterlife y en su escena final.

Keenan pasó a trabajar en el siguiente álbum de Tool, 10,000 Days, mientras que Howerdel comenzó a trabajar en un proyecto con Josh Freese que terminó convirtiéndose en la banda Ashes Divide.

[44]​ Tanto Howerdel como Keenan hablaron sobre el futuro de la banda en varios medios entre 2006 y 2008.

No obstante, Keenan también comentó que la banda no tiene planes para volver a hacer gira a gran escala, ni siquiera para componer y grabar un nuevo álbum.

Howerdel citó entre sus influencias, varios discos que han tenido un impacto en su forma de tocar: Adam Ant con Kings of the Wild Frontier de su híbrido junto a piratear música con un toque de la música india americana, Siouxsie And The Banshees con Tinderbox como «uno de los discos más intensos que he escuchado» y su «intensa atmósfera», Ozzy Osbourne con Diary of a Madman como «Randy Rhodes fue una gran influencia para mí, especialmente cuando empecé», también nombró a la banda británica Depeche Mode (Especialmente en Eat The Elephant) y finalmente The Cure con Pornography, que ha calificado de «intensa atmosférica otro disco».