La década de los 90 comenzó con la crisis del Golfo, que tuvo un impacto en la aviación y en la economía mundial.

Para hacerles frente, en 1992 la ANA procedió a una profunda reestructuración, cuyas palabras clave – Cliente y Eficacia – marcaron el sentido de su crecimiento en los años siguientes.

Fue en ese período cuando la ANA reafirmó su capacidad de prestar servicios a terceros, en el país y en el exterior.

Nacen ANA-Aeropuertos de Portugal, S.A., orientada a la gestión aeroportuaria, y NAV, EP, para la navegación aérea.

Esa orientación a la expansión y competitividad sufrió un serio revés el Atentados del 11 de septiembre.

Esa reestructuración, ocurrida entre 2002 y 2004, fue un paso más en la creación de las condiciones indispensables a la privatización.

2004, no habiéndose producido la esperada recuperación, fue el año en que el tráfico en los aeropuertos de la ANA volvió a crecer.

Para esto contribuyó la Euro 2004, pero también una buena estrategia comercial, con precios e incentivos flexibles que atrajeron nuevas compañías aéreas, en particular las low cost.