La historia trata sobre una conspiración bizarra, que se construye sobre sí misma, y que en ocasiones llega a ser torcida o no lineal, dejando pistas en cada episodio (incluso en los créditos), pero se va armando hasta develar una historia concreta, de trama profunda y diálogo críptico.

En un inicio, Maiellaro realizó el piloto sin darle continuidad a la serie, pero luego decidió establecer un arco narrativo serializado con un detallado mapa de personajes, pistas y mensajes secretos en cada capítulo y un final definido.

Volvió a transmitirse en 2015 por I.Sat, unos meses después del regreso de Adult Swim al canal, aunque esta vez totalmente subtitulado, y no doblado al español como en anteriores emisiones.

Cubierta por un estilo de comedia absurda, surrealista y bizarra, la trama se centra en una conspiración abstracta en contra del protagonista, la cual va distorsionándose hasta tomar giros inesperados e irrazonables.

Sin embargo, repentinamente Fitz empieza a tener extraños recuerdos de una vida pasada, en la que alguna vez tuvo una esposa y una hija, quienes ahora parecen haber desaparecido.

A partir de su primer recuerdo, Fitz empieza a buscar respuestas sobre su pasado y las oscuras fuerzas que parecen estar manipulando el mundo en el que ahora vive.

El programa también se vale de frases aparentemente inconexas o sin sentido e imágenes subliminales que aparecen en la pantalla en momentos claves de la trama, tales como esqueletos, bestias y gente gritando.

[3]​ Luego de trabajar en diferentes shows de Adult Swim escribiendo guiones y como productor, a Matt Maiellaro se le permitió al fin sacar su propia serie a la luz.

Presentó el guion del episodio piloto que él había escrito ante los ejecutivos de la cadena con la frase: «Hacer esto nos costará en total unos 5 dólares y algo del papel que está en la copiadora».

[3]​ Debido al escaso presupuesto, Matt Maiellaro reunió a gente de la oficina (productores y animadores del estudio) para encarnar a los personajes, eligiéndolos por su carácter y personalidad.

El creador se inspiró además en diversas cintas de horror (entre ellas Phantasm) y en trabajos del director John Woo.

Debido a lo complejo del argumento, existen numerosas teorías sobre la serie, creadas por los mismos fanes que le buscan muchos significados y correlaciones.

Lo importante es que Q109 (Question 109) la Cuestión 109 trata sobre el orden de los ángeles malos.

Inicialmente, la cadena había ordenado 20 episodios para la segunda temporada pero, al estar trabajando en el capítulo 10, Ratón Esponja fue repentinamente cancelado, y la cadena le notificó al equipo de producción que acortara los episodios de la temporada 2 a solo 13.

Debido a ello, el creador escribió cinco guiones adicionales que continuarían la historia desde donde se quedó en forma de webisodios, de los cuales solo se produjo y emitió uno, «Enter the sandmouse».

La guitarra estuvo a cargo de Blaine Cartwright, quien es además fanático del bloque Adult Swim.

[3]​ La música incidental fue compuesta por el mismo Maiellaro junto a Kohler, aunque algunas piezas específicas corrieron a cargo de una gran variedad de bandas y artistas que el creador conocía, entre ellas The Sadies y Tongo Hiti.

Si es traducido literalmente al español, da como resultado "12 Onzas de Ratón".

En la portada del DVD se muestra La última cena de Da Vinci, donde Fitz es Cristo y los otros 12 personajes sustituyen a los 12 discípulos.

Sin embargo, si el DVD se mira a poca luz, la carátula muestra los esqueletos de los personajes, así como letras y símbolos que componen una falsa dirección de correo electrónico.