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Variante Epsilon del SARS-CoV-2

Países con casos confirmados de la variante Epsilon al 1 de julio de 2021 ( GISAID )
Leyenda:
  Más de 10 000 secuencias confirmadas
  1.000–9.999 secuencias confirmadas
  100–999 secuencias confirmadas
  10–99 secuencias confirmadas
  2–9 secuencias confirmadas
  1 secuencia confirmada
  Ninguno o ningún dato disponible

La variante Epsilon , también conocida como CAL.20C y que hace referencia a dos linajes de PANGO, B.1.427 y B.1.429 , es una de las variantes del SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 . Se detectó por primera vez en California , EE. UU., en julio de 2020. [1]

A partir de marzo de 2022, la OMS considera que Epsilon es una variante de interés que ya circulaba y que los CDC la están vigilando.

Mutaciones

La variante tiene cinco mutaciones definitorias (I4205V y D1183Y en el gen ORF1ab , y S13I, W152C, L452R en el gen S de la proteína Spike ), [2] de las cuales la L452R (previamente también detectada en otros linajes no relacionados) fue de particular preocupación. [3] B.1.429 es posiblemente más transmisible que las variantes anteriores que circulaban localmente, pero se necesitan más estudios para confirmarlo. [3] Los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) han incluido la B.1.429 y la B.1.427 relacionada como " variantes preocupantes ", y citan una preimpresión que dice que exhiben un aumento de ~20% en la transmisibilidad viral, que tienen un "impacto significativo en la neutralización por algunas, pero no todas" las terapias que han recibido Autorización de Uso de Emergencia (EUA) por parte de la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) para el tratamiento o la prevención de COVID-19, y que reducen moderadamente la neutralización por plasma recolectado por personas que han sido previamente infectadas por el virus o que han recibido una vacuna contra el virus. [4] [5] En mayo de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) le dio a la variante el nombre de "variante Epsilon". [6]

Historia

Epsilon (CAL.20C) fue observado por primera vez en julio de 2020 por investigadores del Centro Médico Cedars-Sinai , California , en una de las 1.230 muestras de virus recogidas en el condado de Los Ángeles desde el inicio de la epidemia de COVID-19 . [1] No se detectó de nuevo hasta septiembre, cuando reapareció entre las muestras de California, pero las cifras se mantuvieron muy bajas hasta noviembre. [8] [9] En noviembre de 2020, la variante Epsilon representaba el 36 por ciento de las muestras recogidas en el Centro Médico Cedars-Sinai, y en enero de 2021, la variante Epsilon representaba el 50 por ciento de las muestras. [3] En un comunicado de prensa conjunto de la Universidad de California, San Francisco , el Departamento de Salud Pública de California y el Departamento de Salud Pública del Condado de Santa Clara , [10] se anunció que la variante también se detectó en varios condados del norte de California. De noviembre a diciembre de 2020, la frecuencia de la variante en los casos secuenciados del norte de California aumentó del 3% al 25%. [11] Una preimpresión describe a CAL.20C como perteneciente al clado 20C de Nextstrain y que contribuye aproximadamente con el 36% de las muestras, mientras que una variante emergente del clado 20G representa alrededor del 24% de las muestras en un estudio centrado en el sur de California. Sin embargo, en los EE. UU. en su conjunto, el clado 20G predominó a partir de enero de 2021. Tras el aumento de la cantidad de Epsilon en California, la variante se ha detectado con frecuencias variables en la mayoría de los estados de EE. UU. Se han detectado pequeñas cantidades en otros países de América del Norte y en Europa, Asia y Australia. [8] [9] Hasta julio de 2021, la variante Epsilon se había detectado en 45 países, según GISAID . [12] Después de un aumento inicial, su frecuencia disminuyó rápidamente a partir de febrero de 2021, ya que estaba siendo superada por la variante Alpha, más transmisible . En abril, Epsilon seguía siendo relativamente frecuente en algunas partes del norte de California, pero prácticamente había desaparecido del sur del estado y nunca había podido establecerse en otro lugar; solo el 3,2% de todos los casos en los Estados Unidos eran Epsilon, mientras que para entonces más de dos tercios eran Alpha. [13]

Estadística

Véase también

Referencias

  1. ^ ab "Se encuentra una cepa local de COVID-19 en más de un tercio de los pacientes de Los Ángeles". news wise (Nota de prensa). California: Centro Médico Cedars Sinai. 19 de enero de 2021. Consultado el 3 de marzo de 2021 .
  2. ^ Variantes de Spike: Epsilon, también conocidas como B.1.427/B.1.429, y CAL.20C/S:452R covdb.stanford.edu , consultado el 3 de julio de 2021
  3. ^ abc "Un estudio sugiere que una nueva variante de California podría estar impulsando el aumento del virus allí". The New York Times . 19 de enero de 2021.
  4. ^ "Clasificaciones y definiciones de variantes del SARS-CoV-2". CDC.gov . Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades. 24 de marzo de 2021 . Consultado el 4 de abril de 2021 .
  5. ^ Shen X, Tang H, Pajon R, Smith G, Glenn GM, Shi W, et al. (abril de 2021). "Neutralización de las variantes B.1.429 y B.1.351 del SARS-CoV-2". The New England Journal of Medicine . 384 (24): 2352–2354. doi : 10.1056/NEJMc2103740 . PMC 8063884 . PMID  33826819. 
  6. ^ Helen Branswell El juego de nombres para las variantes del coronavirus se ha vuelto un poco más fácil 31 de mayo de 2021 www.statnews.com , consultado el 28 de junio de 2021
  7. ^ "Variantes de Spike: variante Epsilon, también conocida como B.1.427/B.1.429". covdb.stanford.edu . Base de datos de resistencia y antivirales del coronavirus de la Universidad de Stanford . 1 de julio de 2021 . Consultado el 5 de julio de 2021 .
  8. ^ ab "B.1.429". Grupo Rambaut, Universidad de Edimburgo . Linajes PANGO. 15 de febrero de 2021. Archivado desde el original el 28 de abril de 2021. Consultado el 16 de febrero de 2021 .
  9. ^ ab "Informe de linaje B.1.429". Scripps Research . outbreak.info. 15 de febrero de 2021 . Consultado el 16 de febrero de 2021 .
  10. ^ "La variante de COVID-19 que se encontró por primera vez en otros países y estados ahora se observa con mayor frecuencia en California". Departamento de Salud Pública de California . Consultado el 30 de enero de 2021 .
  11. ^ Weise E, Weintraub K. "Las nuevas cepas de COVID que se están propagando rápidamente por Estados Unidos requieren una vigilancia cuidadosa, afirman los científicos". USA Today . Consultado el 30 de enero de 2021 .
  12. ^ "Observando la nueva variante Epsilon del SARS-CoV-2". Noticias sobre compras de atención médica . 12 de julio de 2021. Consultado el 12 de septiembre de 2021. Según GISAID, 45 países, desde Estados Unidos hasta Corea del Sur, desde India hasta Japón, han notificado casos de la variante Epsilon.
  13. ^ Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14 de mayo de 2021). «Cómo Estados Unidos ha vencido a las variantes, por ahora». New York Times . Archivado desde el original el 28 de diciembre de 2021. Consultado el 17 de mayo de 2021 .
  14. ^ "GISAID - Variantes del virus hCov19". www.gisaid.org . Consultado el 2 de julio de 2021 .