La Primera B Nacional de Argentina 1998-99 fue la decimotercera temporada de la segunda división profesional del fútbol argentino . Compitieron un total de 33 equipos; el campeón y el subcampeón ascendieron a la Primera División de Argentina .
El Playoff de Ascenso lo disputaron los equipos que ocuparon el 1° y 2° lugar de cada zona. El equipo ganador fue declarado campeón y ascendió automáticamente a Primera División . Los equipos que perdieron en semifinales pasaron a los octavos de final del Playoff de Ascenso Segundo, y el equipo que perdió en la final pasó a los cuartos de final del Playoff de Ascenso Segundo.
1: Calificado por ventaja deportiva .
Nota : Instituto ganó 3-1 en el global, ascendiendo a Primera División
El Torneo Reducido lo disputaron los equipos ubicados del 3° al 14° lugar de cada zona. En octavos de final se sumaron Arsenal y Atlético Tucumán , y en cuartos de final Chacarita Juniors . El ganador ascendió a Primera División .
1: Calificado por ventaja deportiva .
Nota : Chacarita ganó 2-1 en el global, ascendiendo a Primera División.
Nota: Los clubes con afiliación indirecta a AFA descienden al Torneo Argentino A , mientras que los clubes afiliados directamente enfrentan el descenso a la Primera B Metropolitana . Los clubes con afiliación directa son todos del Gran Buenos Aires , a excepción de Newell's , Rosario Central , Central Córdoba y Argentino de Rosario , todos de Rosario , y Unión y Colón de Santa Fe .
Los equipos ubicados en el puesto 15 y 16 de la Tabla de Descenso Zona Interior ( Huracán Corrientes y Douglas Haig ), jugaron un playoff de ascenso/descenso o Torneo Reclasificatorio, con General Paz Juniors y Villa Mitre , equipos del Torneo Argentino A. El ganador fue Villa Mitre y ascendió a la Primera B Nacional 1999-2000 . Huracán Corrientes y Douglas Haig descendieron al Torneo Argentino A y General Paz Juniors se mantuvo en él.