En el ARN ribosómico son comunes tres tipos de tetraloops : GNRA, UNCG y CUUG, en los que la N puede ser uracilo , adenina , citosina o guanina , y la R puede ser guanina o adenina. Estas tres secuencias forman tetraloops estables y conservados que desempeñan un papel importante en la estabilidad estructural y la función biológica del ARNr 16S. [9]
La presencia del tetraloop GNRA proporciona una estabilidad excepcional a la estructura del ARN. El GNRA se produce un 50% más que otros tetranucleótidos debido a su capacidad para soportar temperaturas 4 °C más altas que otras horquillas de ARN. Esto les permite actuar como sitios de nucleación para el plegamiento adecuado del ARN. Los enlaces de hidrógeno poco frecuentes entre el primer nucleótido de guanina y el cuarto de adenina, el apilamiento extenso de bases de nucleótidos y los enlaces de hidrógeno entre el 2' OH de un azúcar ribosa y bases nitrogenadas hacen que el tetraloop sea termodinámicamente estable. [10]
UNCG
En el UNCG es favorable termodinámicamente y estructuralmente debido a los enlaces de hidrógeno , las interacciones de van der Waals , las interacciones coulombianas y las interacciones entre el ARN y el solvente. Los tetraloops UNCG son más estables que los bucles de ADN con la misma secuencia. El tetraloop UUCG es el tetraloop más estable. [11] Los tetraloops UUCG y GNRA constituyen el 70% de todos los tetraloops en 16S-rRNA. [2]
CUG
El tetraloop CUUG tiene la mayor probabilidad de cambios conformacionales debido a su flexibilidad estructural. De los tres tetraloops mencionados, este tetraloop es el más flexible, ya que el segundo uracilo es comparativamente libre de restricciones. [12] También es muy estable termodinámicamente. [9]
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