El equipo de fútbol americano SMU Mustangs de 1999 representó a la Universidad Metodista del Sur (SMU) como miembro de la Conferencia Atlética Occidental (WAC) durante la temporada de fútbol americano de la División IA de la NCAA de 1999 . Liderados por el entrenador en jefe de tercer año Mike Cavan , los Mustangs compilaron un récord general de 4-6 con una marca de 3-3 en juegos de conferencia, ubicándose quinto en el WAC.
