En la temporada 1999-2000 de la Liga Alef, Hapoel Majd al-Krum (campeón de la División Norte) y Maccabi Ashkelon (campeón de la División Sur) ganaron el título y ascendieron a la Liga Artzit . Al final de la temporada, los clubes de la Liga Artzit, Beitar Tel Aviv y Shimshon Tel Aviv se fusionaron para formar Beitar Shimshon Tel Aviv , y Hapoel Nir Ramat HaSharon también ascendió.
En la parte inferior, Maccabi Afula (de la división Norte) y Hapoel Or Yehuda (de la división Sur) descendieron automáticamente a la Liga Bet , mientras que Sektzia Nes Tziona fue indultado del descenso, después de que Maccabi Lazarus Holon se retirara al final de la temporada.