La Meistriliiga de 1998 fue la octava temporada de la Meistriliiga , la principal liga de fútbol de Estonia. La temporada fue inusualmente corta, ya que se jugó en la segunda mitad de 1998 para volver al formato nórdico de temporada de primavera a otoño al año siguiente. Flora ganó su cuarto título.
Eesti Põlevkivi Jõhvi ganó 5-2 en el global y retuvo su puesto en la Meistriliiga para la temporada 1999 .