En la temporada 2015-16 de la Liga Alef, Ironi Nesher (campeón de la División Norte) y Maccabi Sha'arayim (campeón de la División Sur) ganaron el título y el ascenso a la Liga Leumit .
Los clubes que ocuparon entre el 2º y el 5º puesto de cada división compitieron en un play-off de ascenso, en el que el ganador, el FC Kafr Qasim , avanzó a la ronda final, donde perdió 1-3 en el global ante el club que se ubicó en el 14º lugar de la Liga Leumit , el Hapoel Jerusalem . De esta manera, el FC Kafr Qasim permaneció en la Liga Alef.
En la parte inferior, los dos últimos clubes de cada división, Maccabi Sektzia Ma'alot-Tarshiha , Ihud Bnei Majd al-Krum (de la división Norte), Bnei Eilat y Hapoel Morasha Ramat HaSharon (de la división Sur) descendieron automáticamente a la Liga Bet , mientras que los dos clubes que ocupaban el puesto 14 de cada división, Maccabi Daliyat al-Karmel y Maccabi Ironi Amishav Petah Tikva, participaron en los play-offs de ascenso/descenso. Maccabi Daliyat al-Karmel se impuso para permanecer en la Liga Alef, mientras que Maccabi Ironi Amishav Petah Tikva descendió tras perder los play-offs.
Los clubes que ocuparon el segundo y tercer lugar jugaron un partido individual en casa contra los clubes que ocuparon el cuarto y quinto lugar en sus respectivas divisiones regionales.
Hapoel Hadera e Ironi Tiberias (de la división Norte) y FC Kafr Qasim y Hapoel Azor (de la división Sur) avanzaron a la segunda ronda.
Los ganadores de la primera ronda jugaron un partido individual en casa del club mejor clasificado (de cada división regional).
Hapoel Hadera y FC Kafr Qasim avanzaron a la tercera ronda.
Hapoel Hadera y FC Kafr Qasim se enfrentaron en un partido único en un estadio neutral. El ganador avanzó a la cuarta ronda contra el club que se ubicó en el puesto 14 de la Liga Leumit.
El FC Kafr Qasim avanzó a los play-offs de ascenso/descenso.
El FC Kafr Qasim se enfrentó al Hapoel Jerusalem, que ocupaba el puesto 14 de la Liga Leumit 2015-16 . El ganador en el global se aseguraba un lugar en la Liga Leumit 2016-17 . Los partidos se llevaron a cabo el 27 y el 31 de mayo de 2016.
Hapoel Jerusalem ganó 3-1 en el global y permaneció en la Liga Leumit. El FC Kafr Qasim permaneció en la Liga Alef.
El club que ocupa el puesto 14 en la Liga Alef Norte, Maccabi Daliyat al-Karmel, se enfrentó al ganador de los play-offs de la Liga Bet North, Hapoel Umm al-Fahm. El ganador se ganó un lugar en la Liga Alef 2016-17 .
Maccabi Daliyat al-Karmel permaneció en la Liga Alef ; Hapoel Umm al-Fahm permaneció en la Liga Bet.
El club que ocupa el puesto 14 en la Liga Alef Sur, Maccabi Amishav Petah Tikva, se enfrentó al ganador de los play-offs de la Liga Bet Sur, FC Tira. El ganador se ganó un lugar en la Liga Alef 2016-17 .
FC Tira Ascendió a la Liga Alef ; Maccabi Amishav Petah Tikva descendió a Liga Bet.