El equipo de fútbol americano Kansas Jayhawks de 2006 representó a la Universidad de Kansas durante la temporada de fútbol americano de la División I de la NCAA de 2006. Participaron como miembros de la Conferencia Big 12 en la División Norte. El equipo jugó sus partidos de local en el Memorial Stadium en Lawrence, Kansas . Fueron entrenados por Mark Mangino . A pesar de ganar 6 partidos, el equipo no fue invitado a un partido de bowl.