La FIBA EuroCup Challenge 2006-07 fue la quinta edición de la competición transnacional de cuarto nivel de Europa para clubes de baloncesto profesionales masculinos. [1] La temporada contó con la participación de 16 equipos. El club ruso CSK VVS-Samara ganó el título, tras vencer en la final al club chipriota Keravnos .
Los cuartos de final fueron eliminatorias a dos partidos determinadas por el marcador global. Los partidos de ida se jugaron el 11 de enero de 2007. Todos los partidos de vuelta se jugaron el 18 de enero de 2007.
Los cuartos de final fueron eliminatorias a dos partidos determinadas por el marcador global. Los partidos de ida se jugaron el 28 de febrero de 2007 y el 1 de marzo de 2007. Todos los partidos de vuelta se jugaron el 8 de marzo.