El Bayern Munich inició la temporada 2006-07 con Felix Magath como entrenador . El 1 de febrero de 2007, Magath fue despedido tras unos resultados decepcionantes en la liga alemana, incluida la eliminación en la tercera ronda de la Copa . Su predecesor, Ottmar Hitzfeld , también fue designado como su sucesor.
El Bayern recibió al Borussia Dortmund en el partido inaugural de la 44.ª temporada de la Bundesliga el 11 de agosto de 2006. En el último día de juego, el 19 de mayo de 2007, vencieron al Mainz 05 , terminando en el cuarto lugar, una posición que mantuvieron durante casi toda la segunda mitad de la temporada. El cuarto puesto clasificó al Bayern para la Copa de la UEFA 2007-08 . [1]
El Bayern se clasificó para la UEFA Champions League 2006-07 . Sus oponentes en el Grupo B fueron el Spartak de Moscú , el Sporting CP y el Inter de Milán .
El Bayern fue eliminado en cuartos de final por el Milan .
