La temporada 2006-07 de la FA Premier Reserve League fue la octava temporada de la Premier Reserve League desde su creación. El actual campeón de la Northern Division, el Manchester United, había ganado dos títulos consecutivos de la Northern Premier Reserve League y tres en total, pero buscaba convertirse en el primer equipo en ganar tres temporadas consecutivas. El actual campeón de la Southern League, el Tottenham Hotspur, buscaba igualar al Derby County y al Charlton Athletic al ganar dos títulos consecutivos de la Southern Reserve League.
Ambos no lograron cumplir sus objetivos, ya que Bolton Wanderers ganó la División Norte en el último día con una victoria en casa por 3-1 contra el Newcastle United , y Reading ganó la División Sur después de una victoria por 4-0 como visitante contra el West Ham United .
La final del play-off de la Premier Reserve League para determinar el ganador general se disputó entre los dos campeones, Bolton y Reading, en el Madejski Stadium , con Reading ganando el juego 2-0 y siendo coronado campeón general de reserva.
El descenso de Watford , Charlton y Sheffield United de la liga senior significó que, a pesar de sus actuaciones en la liga de reserva, los tres equipos descendieron de la Premier Reserve League y fueron reemplazados por los equipos ascendidos Birmingham , Derby County y Sunderland para la temporada 2007-08 .
Liga de Reserva Norte
Liga de Reserva Sur
Pld = Partidos jugados; G = Partidos ganados; D = Partidos empatados; P = Partidos perdidos; F = Goles a favor; A = Goles en contra; GD = Diferencia de goles; Pts = Puntos