La temporada 2003-04 de la Tercera División de Chipre fue la 33.ª temporada de la liga de fútbol de tercer nivel de Chipre . El APOP Kinyras ganó su primer título.
En la temporada 2003-04 participaron catorce equipos de la Tercera División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Segunda División de Chipre 2004-05 y los tres últimos descendieron a la Cuarta División de Chipre 2004-05 .
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Equipos ascendidos a la Segunda División de Chipre 2003-04
Equipos descendidos de la Segunda División de Chipre 2002-03
Equipos ascendidos de la Cuarta División de Chipre 2002-03
Equipos descendidos a la Cuarta División de Chipre 2003-04
Además, antes del inicio de la temporada, Kinyras Empas y APOP Peyia se fusionaron para formar APOP Kinyras , que tomó el lugar de Kinyras Empas en la Tercera División chipriota.