La temporada 1999-2000 de la Liga de Hockey de Lituania fue la novena temporada de la Liga de Hockey de Lituania, el nivel más alto del hockey sobre hielo en Lituania . Participaron cuatro equipos en la liga y el Vyltis Elektrenai ganó el campeonato. El Vyltis fue el primer equipo en ganar la liga, aparte del SC Energija.