La temporada 1999-2000 fue la número 97 de la Liga de Fútbol del Sur . Al final de la temporada anterior, la División Midland pasó a llamarse División Oeste y la División Sur pasó a llamarse División Este.
Boston United ganó la Premier Division y obtuvo el ascenso a la Football Conference . Atherstone United , Gloucester City , Grantham Town y Rothwell Town descendieron de la Primera División, mientras que Folkestone Invicta , Moor Green , Fisher Athletic y Stafford Rangers ascendieron de las divisiones Este y Oeste, siendo los dos primeros campeones. Fleet Town , Yate Town y Stourbridge descendieron al octavo nivel, mientras que Raunds Town renunció a la liga.
La Premier Division estaba formada por 22 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y cuatro clubes nuevos:
La División Este estaba formada por 22 clubes, incluidos 16 clubes de la División Sur de la temporada anterior y seis clubes nuevos:
La División Oeste estaba formada por 22 clubes, incluidos 16 clubes de la temporada anterior División Midland y seis clubes nuevos: