La temporada 1999 del Campeonato Toyota Atlantic se disputó en 12 rondas. El campeón de pilotos del Campeonato KOOL Toyota Atlantic fue Anthony Lazzaro, que conducía para PPI Motorsports . Compitieron 19 equipos diferentes y 44 pilotos diferentes. En esta fórmula monomarca, todos los pilotos tuvieron que utilizar chasis Swift y motores Toyota . Esta temporada también se vio una clase C2 con chasis Ralt más antiguos y motores Toyota . En la clase C2 compitieron siete pilotos diferentes, pero ninguno de ellos durante toda la temporada.
En cada carrera se otorgaron los siguientes puntos: 20 puntos al ganador, 16 al segundo, 14 al tercer lugar, 12 al cuarto lugar, 10 al quinto lugar, 8 al sexto lugar, 6 al séptimo lugar, y 1 punto al duodécimo lugar. Los pilotos que ocupaban las posiciones más bajas no consiguieron puntos. Se otorgaron puntos adicionales al ganador de la pole (1 punto) y al piloto que liderara la mayor cantidad de vueltas (1 punto). Los pilotos de la clase C2 no pudieron sumar puntos en la clase principal.
Nota:
Carrera 8 Nicolas Rondet tuvo una deducción de 2 puntos por tomar un riesgo injustificable.
Sistema de puntos, véase más arriba. Sin embargo, solo se otorgarán puntos adicionales al piloto que lidere la mayor cantidad de vueltas.
Nota:
No hay más competidores en la clase C2. Cuatro carreras sin ningún participante.
R22 = retirado, pero clasificado NS = no comenzó