La temporada 1998-99 de hockey sobre hielo masculino de la División III de la NCAA comenzó en octubre de 1998 y concluyó el 20 de marzo del año siguiente. Esta fue la 26.ª temporada de hockey sobre hielo universitario de la División III .
Findlay , de la División II, se unió a cuatro escuelas de la División III para formar la MCHA . Después de la temporada, los Oilers ascendieron a la División I, pero se les permitió participar de inmediato en el torneo de postemporada porque oficialmente seguían siendo un programa de la División II.
Nota: Los minijuegos no están incluidos en la clasificación final.
Nota: * indica períodos de horas extras
[1]