La subfamilia de proteínas es un nivel de clasificación de proteínas , basado en su estrecha relación evolutiva . Está por debajo de los niveles más altos de la superfamilia de proteínas y la familia de proteínas . [1]
Las proteínas suelen compartir mayores similitudes de secuencia y función con otros miembros de la subfamilia que con miembros de su familia más amplia. [1] [2] Por ejemplo, en el sistema de clasificación de la base de datos de Clasificación Estructural de Proteínas , los miembros de una subfamilia comparten las mismas interfaces de interacción y socios de interacción . [3] Estos son criterios más estrictos que los de una familia, donde los miembros tienen estructuras similares, pero pueden estar relacionados más lejanamente y, por lo tanto, tener diferentes interfaces. Las subfamilias se asignan mediante una variedad de métodos, incluida la similitud de secuencia , [4] motivos vinculados a la función, [5] o clado filogenético . [6] [7] No existe una distinción exacta y consistente entre una subfamilia y una familia. El mismo grupo de proteínas a veces puede describirse como una familia o una subfamilia, según el contexto.
Referencias
- ^ ab "¿Qué son las familias de proteínas?". Tren EMBL-EBI en línea . 2011-11-18 . Consultado el 8 de marzo de 2018 .
- ^ Das, Sayoni; Orengo, Christine A. (2016). "Anotación de la función de las proteínas utilizando recursos de la familia de dominios de proteínas" (PDF) . Métodos . 93 : 24–34. doi :10.1016/j.ymeth.2015.09.029. PMID 26434392.
- ^ Rausell, Antonio; Juan David; Pazos, Florencio; Valencia, Alfonso (2010-02-02). "Interacciones de proteínas y unión de ligandos: de las subfamilias de proteínas a la especificidad funcional". Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias . 107 (5): 1995-2000. Código Bib : 2010PNAS..107.1995R. doi : 10.1073/pnas.0908044107 . PMC 2808218 . PMID 20133844.
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- ^ Mi, Huaiyu; Poudel, Sagar; Muruganujan, Anushya; Casagrande, John T.; Thomas, Paul D. (4 de enero de 2016). "PANTHER versión 10: familias y funciones de proteínas ampliadas y herramientas de análisis". Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D336-D342. doi : 10.1093/nar/gkv1194. ISSN 0305-1048. PMC 4702852 . PMID 26578592.
enlaces externos
- SCOP DB en Cambridge, Reino Unido
- Estructura de la proteína CATH DB
