Para el control del robot , la simulación de hoja de ruta estocástica [1] está inspirada en los métodos de hoja de ruta probabilística [2] (PRM) desarrollados para la planificación del movimiento del robot .
La idea principal de estos métodos es capturar la conectividad de un espacio geométricamente complejo de alta dimensión mediante la construcción de un gráfico de caminos locales que conectan puntos muestreados aleatoriamente de ese espacio. Un mapa de ruta G = (V, E) es un gráfico dirigido. Cada vértice v es una conformación muestreada aleatoriamente en C . Cada arista (dirigida) del vértice v i al vértice v j lleva un peso P ij , que representa la probabilidad de que la molécula se mueva a la conformación v j , dado que actualmente está en v i . La probabilidad P ij es 0 si no hay arista de v i a v j . De lo contrario, depende de la diferencia de energía entre las conformaciones.
La simulación de la hoja de ruta estocástica se utiliza para explorar la cinética del movimiento molecular examinando simultáneamente múltiples vías en la hoja de ruta. Las propiedades del conjunto del movimiento molecular (por ejemplo, probabilidad de plegamiento [P Fold ], tiempo de escape en la unión de ligando y proteína) se calculan de manera eficiente y precisa con la simulación de la hoja de ruta estocástica. Los valores de P Fold se calculan utilizando el análisis de primer paso de la teoría de la cadena de Markov .