La segunda ronda de clasificación de la AFC para la Copa Mundial de la FIFA 2006 comenzó el 18 de febrero de 2004 y terminó el 17 de noviembre de 2004.
El país mejor clasificado en cada grupo al final de la etapa avanzó a la tercera ronda , donde los ocho equipos restantes se dividieron en dos grupos de cuatro.
Los 32 equipos (25 equipos pasaron directamente a la segunda ronda y 7 ganadores de la ronda eliminatoria ) se dividieron en cinco grupos de cuatro equipos cada uno, y todos los equipos jugaron de local y de visitante contra cada uno de los otros tres equipos del grupo.
El equipo mejor clasificado de cada grupo se clasificó para la tercera ronda .
Se marcaron 297 goles en 96 partidos, para un promedio de 3,09 goles por partido.
8 objetivos
5 objetivos
4 objetivos
3 objetivos
2 goles
1 gol
1 gol en propia puerta