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Rescate sintético

El rescate sintético (o recuperación sintética o viabilidad sintética cuando se rescata un fenotipo letal [1] [2] ) se refiere a una interacción genética en la que una célula que no es viable, es sensible a un fármaco específico o está deteriorada de otro modo debido a la presencia de un La mutación genética se vuelve viable cuando la mutación original se combina con una segunda mutación en un gen diferente. [1] La segunda mutación puede ser una mutación de pérdida de función (equivalente a un knockout) o una mutación de ganancia de función . [2]

El rescate sintético podría potencialmente aprovecharse para la terapia génica , pero también proporciona información sobre la función de los genes implicados en la interacción.

Tipos de supresión genética

Supresión mediada por dosis

La supresión mediada por dosis ocurre cuando la supresión del fenotipo mutante está mediada por la sobreexpresión de un segundo gen supresor. Esto puede ocurrir cuando las mutaciones iniciales desestabilizan una interacción proteína-proteína y la sobreexpresión de la proteína que interactúa evita el efecto negativo de la mutación inicial.

Supresión mediada por interacción

La supresión mediada por interacciones ocurre cuando una mutación perjudicial en un componente de un complejo proteico desestabiliza el complejo. Una mutación compensatoria en otro componente del complejo proteico puede entonces suprimir el fenotipo perjudicial al restablecer la interacción entre las dos proteínas. Por lo general, significa que la mutación deletérea y la mutación supresora ocurren en dos residuos que están ubicados estrechamente en la estructura tridimensional del complejo multiproteico. De este modo, este tipo de supresión proporciona información indirecta sobre la estructura molecular de las proteínas implicadas.

Observación experimental de predicción teórica.

La forma más potente de rescates sintéticos, en la que el impacto nocivo de la eliminación de un gen se mitiga mediante una perturbación genética adicional que también es nociva cuando se considera de forma aislada, se modeló y predijo teóricamente para las interacciones genéticas mediadas por la red metabólica. [1] Esta fuerte forma de rescate sintético se ha observado recientemente en experimentos con Saccharomyces cerevisiae . [3] y Escherichia coli . [4] También se demostró que el análisis de supervivencia del paciente predice rescates sintéticos y otros tipos de interacciones. [5]

supresión mediada por ARNt

La supresión genética puede estar mediada por genes de ARNt cuando una mutación altera su secuencia de anticodones . Por ejemplo, un ARNt designado para el reconocimiento del codón TCA y la correspondiente inserción de serina en la cadena polipeptídica en crecimiento puede mutar para que reconozca un codón de parada TAA y promueva la inserción de serina en lugar de la terminación de la cadena polipeptídica. Esto podría ser particularmente útil cuando una mutación sin sentido (TCA >TAA) previene la expresión de un gen al conducir a un polipéptido parcialmente completo o a la degradación del ARNm por desintegración mediada por sin sentido . La redundancia de los genes de ARNt garantiza que dicha mutación no impida la inserción normal de serinas cuando el codón TCA las especifica.

Ver también

Referencias

  1. ^ abc Motter, Adilson E; Gulbahçe, Natali; Almaas, Eivind; Barabási, Albert-László (2008). "Predicción de rescates sintéticos en redes metabólicas". Biología de sistemas moleculares . 4 : 168. arXiv : 0803.0962 . doi :10.1038/msb.2008.1. ISSN  1744-4292. PMC  2267730 . PMID  18277384.
  2. ^ ab Puddu, F.; Oelschlaegel, T; Guérini, yo; Geisler, Nueva Jersey; Niu, H; Herzog, M; Salguero, yo; Ochoa-Montaño, B; Viré, E; cantado, P; Adams, DJ; Keane, TM; Jackson, SP (2015). "El cribado genómico de viabilidad sintética define la función de Sae2 en la reparación del ADN". Revista EMBO . 34 (11): 1509-1522. doi :10.15252/embj.201590973. PMC 4474527 . PMID  25899817. 
  3. ^ Partow SH, Hyland PB y Mahadevan K., El rescate sintético combina la generación de NADPH con la sobreproducción de metabolitos en Saccharomyces cerevisiae, Metab. Ing. 43, 64 (2017)
  4. ^ Wytock TP et al., La evolución experimental de diversos mutantes metabólicos de Escherichia coli identifica loci genéticos para la adaptación convergente de la tasa de crecimiento, PLoS Genetics 14 (3), e1007284 (2018).
  5. ^ Magen, A (2019). "Más allá de la letalidad sintética: trazar el panorama de los estados de expresión genética por pares asociados con la supervivencia en el cáncer". Informes celulares . 28 (4): P938–948.E6. doi : 10.1016/j.celrep.2019.06.067 . PMC 8261641 . PMID  31340155.