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Muelle r

rDock (anteriormente RiboDock ) es un software de acoplamiento molecular de código abierto que se utiliza para acoplar moléculas pequeñas a proteínas y ácidos nucleicos. Está diseñado principalmente para el cribado virtual de alto rendimiento y la predicción del modo de unión.

Historia

El desarrollo de rDock comenzó en 1998 en RiboTargets (posteriormente Vernalis (R&D) Ltd ). [1] El software se llamó originalmente RiboDock. [2] El desarrollo continuó hasta 2006, cuando el software fue licenciado a la Universidad de York para distribución académica y también mantenimiento.

Seis años después, en 2012, Vernalis y la Universidad de York decidieron publicar rDock como software de código abierto para permitir su desarrollo posterior por parte de una comunidad más amplia. La versión que se publicó como código abierto está desarrollada y respaldada por la Universidad de Barcelona en SourceForge . [3] El desarrollo en SourceForge se estancó después de junio de 2014 y el repositorio se considera obsoleto después de la migración a GitHub . [4] [5]

Una bifurcación llamada RxDock continuó el desarrollo de rDock desde abril de 2019 hasta marzo de 2022 en GitLab . [6] [7] [8] A abril de 2022, la actividad de desarrollo del proyecto RxDock es muy baja. [9]

Véase también

Referencias

  1. ^ "Acerca de | rDock" . Consultado el 22 de mayo de 2019 .
  2. ^ Morley SD, Afshar M (marzo de 2004). "Validación de una función de puntuación de ligando de ARN empírica para acoplamiento rápido y flexible utilizando RiboDock(r)". Journal of Computer-Aided Molecular Design . 18 (3): 189–208. Bibcode :2004JCAMD..18..189M. doi :10.1023/B:JCAM.0000035199.48747.1e. PMID  15368919. S2CID  11935115.
  3. ^ Ruiz-Carmona S, Alvarez-Garcia D, Foloppe N, Garmendia-Doval AB, Juhos S, Schmidtke P, Barril X, Hubbard RE, Morley SD (abril de 2014). Prlic A (ed.). "rDock: un programa rápido, versátil y de código abierto para acoplar ligandos a proteínas y ácidos nucleicos". PLOS Computational Biology . 10 (4): e1003571. Bibcode :2014PLSCB..10E3571R. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003571 . PMC 3983074 . PMID  24722481. 
  4. ^ "rDock/SVN/Commit[r24]". sourceforge.net . Consultado el 15 de septiembre de 2019 .
  5. ^ "Descargar | rDock" . Consultado el 19 de enero de 2023 .
  6. ^ "RxDock". rxdock.gitlab.io . Consultado el 24 de abril de 2022 .
  7. ^ "RxDock / RxDock". GitLab . Consultado el 15 de septiembre de 2019 .
  8. ^ "Proyecto: Modernización, modularización y mantenimiento activo de RxDock, un programa rápido, versátil y de código abierto para acoplar ligandos a proteínas y ácidos nucleicos (abril de 2019 – marzo de 2022) (Investigación - RxTx)". rxtxresearch.github.io . Consultado el 19 de enero de 2023 .
  9. ^ "El proyecto de código abierto RxDock en Open Hub". www.openhub.net . Consultado el 24 de abril de 2022 .

Enlaces externos

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