Los ríos del Paraguay han servido, a falta de caminos transitables, como vías naturales de acceso a los territorios paraguayos más remotos. Algunos de ellos, los grandes afluentes del Paraguay y el Paraná, posibilitaron la navegación en pequeña escala, y embarcaciones menores con uso limitado en épocas de sequía debido a la disminución del caudal de los caudales hídricos.
Entre las filiales de la margen izquierda del río Paraguay se encuentran:
El río Jejui cubre un área de aproximadamente 350 km. Recibe agua de los ríos Jejui-mi y Jejui Guazú, además de un importante aporte del río Aguaray. Cerca de su nacimiento confluyen el río Curuguaty y el arroyo Itanará.
Históricamente tuvo importancia estratégica para los colonos portugueses, quienes continuamente intentaron controlar esta vía de comunicación que proporcionaba acceso al río Paraguay , que era una vía rápida para llegar a las minas de oro de Cuyabá .
Toda la zona circundante al río estuvo comprometida en la defensa de la soberanía del Paraguay en la delicada disputa con Portugal por la posesión de la región productora de mate en Igatimí .
Al pueblo de Curuguaty se accede por el río Jejuí, cuando el nivel de las aguas lo permite. El viaje por tierra desde Asunción consume mucho tiempo debido a la distancia y las dificultades naturales de atravesar selvas y ríos.
Esta localidad, como otras en zonas apartadas del país, padecía un fuerte aislamiento, por lo que Curuguaty fue elegida por el dictador José Gaspar Rodríguez de Francia como lugar de encarcelamiento del líder uruguayo general José Gervasio Artigas cuando éste solicitó asilo en Paraguay.
El río mantuvo en el pasado un mayor caudal por la regularidad de las lluvias y la humedad sustentada por sus extensos bosques. Hasta mediados del siglo XX era común observar en sus tramos bajos, el tránsito de embarcaciones que transportaban maderas duras y mate.
En el auge de la producción de yerba mate hubo un movimiento constante de embarcaciones de pequeño porte que llegaban a los puertos de Itaba e Ysaú. El primero era un importante punto de embarque de yerba mate , perteneciente a la poderosa Compañía Industrial Paraguaya, creada poco después de la Guerra del Paraguay .
La desembocadura del río, cerca de los 24 grados de latitud sur, era un activo lugar de encuentro para los comerciantes que se dedicaban al suministro de mercancías para las tripulaciones de los barcos y los habitantes de los pueblos vecinos. Allí los trabajadores gastaban sus escasos bienes después de haber trabajado durante largos meses. En los cañones del río había montones de leña —material básico para el funcionamiento de las calderas y las plantas de vapor— y miles de rollos de madera dura acumulados a la espera de ser embarcados hacia los puertos de abajo.
La pérdida de las montañas costeras llenó de desechos las riberas del río y esto disminuyó la profundidad de sus aguas. Más tarde, la construcción de rutas terrestres produjo, además, el abandono de esta ruta como medio de comunicación.
Un fenómeno similar ocurrió con el río Manduvirá de 212 km de longitud. Nace en la Cordillera de los Altos y se desplaza de este a oeste. Durante muchos años esta fue la alternativa para llegar a pueblos aislados como Arroyos y Esteros . Al puerto de esta población llegaban pequeñas embarcaciones a motor dedicadas al comercio de frutas nacionales y al transporte de pasajeros. El Manduvirá desemboca en el río Paraguay, a poca distancia de Asunción , destino de pasajeros y peatones que acompañaban sus cargas de frutas , tabaco y alcohol .
El río Tebicuary de 235 km de longitud desemboca en los 23º30' de latitud sur. Antiguamente, estos ríos servían de comunicación entre la zona de Ñeembucú y los territorios del interior de las antiguas misiones jesuíticas . Por este río ingresaban embarcaciones menores para transportar mercaderías provenientes de Argentina , especialmente de Corrientes . Llegaban hasta el paso de Santa María , actual Villa Florida , donde se establecieron fuertes firmas comerciales que se dedicaban a distribuir sus mercaderías a diversos pueblos. A su regreso, estas embarcaciones llevaban algodón y leña a la ciudad de Pilar .
El primer estudio de su geografía lo realizó el naturalista español Félix de Azara , quien escribió un folleto con los detalles de la expedición realizada por sus ayudantes. El cauce del agua sufrió el mismo deterioro, como consecuencia del mal uso de sus fuentes y humedales adyacentes .
Entre los afluentes del río Paraná destaca el río Monday, con una extensión de 170 km.
Este río nace en las montañas de Caaguazú y vierte sus aguas en la margen derecha del río Paraná, a poca distancia de la desembocadura del río Iguazú.
Existen referencias recientes de que en el corto trayecto entre las fábricas de la selva de Caaguazú, se transportaban yerba mate y madera mediante chalupas y remolcadores, cercanas a los famosos Saltos del Monday , que desembocaban en el río Paraná, donde se trasbordaban las cargas a buques de mayor capacidad.