Los ríos de Estonia son cortos y en su mayoría tienen un caudal pequeño. Sólo 10 ríos tienen más de 100 km de longitud. El río más grande es el Narva (longitud 77 km) en la frontera entre Estonia y Rusia , cuyo caudal promedio es mayor que el de todos los demás ríos juntos.
La lista está incompleta.