El río Guatiquía tiene su origen en el páramo de Chingaza a 3.500 metros (11.500 pies), desde sus raíces en jurisdicción del municipio de Quetame (departamento de Cundinamarca , Colombia ). Hasta llegar a los Llanos Orientales Colombianos , forma un largo y profundo cañón de 137 kilómetros (85 mi).
El río se divide en dos brazos que toman los nombres de Río Negrito y Río Guayuriba . Ambos brazos desembocan en el Río Meta .
Las aguas del Guatiquía finalmente desembocan en el río Orinoco y el océano Atlántico.