Guillaume de Baillou (en latín: Ballonius ) (1538-1616) fue un médico francés nacido en París . Fue miembro de la familia Baillou, una de las familias aristocráticas más antiguas de Europa.
Estudió en la Universidad de París , donde fue alumno de Jean Fernel (1497-1558). Obtuvo su licenciatura en Artes en 1568 y su doctorado en Medicina en 1570. Fue profesor en París durante 46 años y, finalmente, se convirtió en decano de la Facultad de Medicina. Durante un tiempo fue médico personal de Enrique IV (1553-1610).
Guillaume de Baillou es considerado el primer epidemiólogo desde Hipócrates y se le atribuye el mérito de ser el fundador de la epidemiología moderna . Realizó estudios exhaustivos sobre las epidemias que asolaron París y, además, se le atribuye la primera descripción clínica de la tos ferina en 1578. También proporcionó las primeras descripciones modernas del reumatismo y la artritis , que definió en el tratado Liber de Rheumatismo et Pleuritide dorsali .
Guillaume de Baillou es un antepasado de Jean Chevallier de Baillou (1684-1758), cuya famosa colección de geología proporcionó la base para el actual Museo de Historia Natural de Viena , Austria.