La temporada 1989-90 fue la 75.ª temporada de la Isthmian League , una competición de fútbol inglesa en la que participan clubes semiprofesionales y amateurs de Londres, el este y el sureste de Inglaterra .
La liga constaba de tres divisiones. La División Dos estaba dividida en dos secciones.
Slough Town fue campeón, ganó su segundo título de la Isthmian League y ascendió a la Conferencia.
La Premier Division estaba formada por 22 clubes, incluidos 19 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos:
La Primera División estaba formada por 22 clubes, incluidos 16 clubes de la temporada anterior y seis clubes nuevos:
Dos clubes descendidos de la Premier Division:
Dos clubes ascendidos de la División Dos Norte:
Dos clubes ascendidos de la División Dos Sur:
La División Dos Norte estaba compuesta por 22 clubes, incluidos 19 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos:
La División Dos Sur estaba compuesta por 21 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos: