Polimorfismo de conformación monocatenario.

El polimorfismo de conformación monocatenaria ( SSCP ), o polimorfismo de cadena monocatenaria , se define como una diferencia conformacional de secuencias de nucleótidos monocatenarias de longitud idéntica inducida por diferencias en las secuencias bajo ciertas condiciones experimentales. Esta propiedad permite distinguir secuencias mediante electroforesis en gel , que separa los fragmentos según sus diferentes conformaciones. ^[1]

Antecedentes físicos

Un solo cambio de nucleótido en una secuencia particular, como se ve en un ADN de doble cadena, no puede distinguirse mediante técnicas de electroforesis en gel, lo que puede atribuirse al hecho de que; las propiedades físicas de las dobles hebras son casi idénticas para ambos alelos. Después de la desnaturalización, el ADN monocatenario sufre un plegamiento tridimensional característico y puede asumir un estado conformacional único basado en su secuencia de ADN. La diferencia de forma entre dos cadenas de ADN monocatenario con secuencias diferentes puede hacer que migren de manera diferente a través de un gel de electroforesis, aunque el número de nucleótidos sea el mismo, lo que, de hecho, es una aplicación de SSCP.

Aplicaciones en biología molecular

SSCP solía ser una forma de descubrir nuevos polimorfismos de ADN además de la secuenciación del ADN, pero ahora está siendo suplantado por técnicas de secuenciación debido a su eficiencia y precisión. ^[2] Hoy en día, SSCP es más aplicable como herramienta de diagnóstico en biología molecular. Se puede utilizar en genotipado para detectar individuos homocigotos de diferentes estados alélicos, así como individuos heterocigotos, cada uno de los cuales debe demostrar patrones distintos en un experimento de electroforesis. ^[3] SSCP también se usa ampliamente en virología para detectar variaciones en diferentes cepas de un virus, la idea es que una partícula de virus particular presente en ambas cepas habrá sufrido cambios debido a una mutación, y que estos cambios harán que las dos partículas asumir conformaciones diferentes y, por lo tanto, ser diferenciables en un gel SSCP. ^[4]

Referencias

1. Masato Orita; Hiroyuki Iwahana; Hiroshi Knazawa; Kenshi Hayashi; Takato Sekiya (1989). "Detección de los polimorfismos del ADN humano mediante electroforesis en gel como polimorfismos de conformación monocatenaria". Proc. Nacional. Acad. Ciencia. EE.UU . 86 (8): 2766–2770. Código bibliográfico : 1989PNAS...86.2766O. doi : 10.1073/pnas.86.8.2766 . PMC  286999 . PMID  2565038.
2. Tahira, T.; Kukita, Y.; Higasa, K.; Okazaki, Y.; Yoshinaga, A.; Hayashi, K. (2009). "Estimación de frecuencias alélicas de SNP mediante análisis SSCP de ADN agrupado" . Métodos en biología molecular. vol. 578, págs. 193-207. doi :10.1007/978-1-60327-411-1_12. ISBN 978-1-60327-410-4. PMID  19768595.
3. Michiei Oto; Satoshi Miyake; Yasuhito Yuasa (1993). "Optimización del análisis de polimorfismo de conformación de cadena única no radioisotópico con un aparato de electroforesis en gel Minislab convencional". Bioquímica Analítica . 213 (1): 19-22. doi :10.1006/abio.1993.1379. PMID  8238876.
4. Karen Sumire Kubo; RM Estuardo; J. Freitas-Astúa1; R. Antonioli-Luizon; CE Locali-Fabris; HD Coletta-Filho1; MA Machado; EW Kitajima (21 de mayo de 2009). "Evaluación de la variabilidad genética del virus de la mancha de orquídea mediante análisis de polimorfismo conformacional monocatenario y secuenciación de nucleótidos de un fragmento del gen de la nucleocápside". Archivos de Virología . 154 (6). División de Virología de la Unión Internacional de Sociedades Microbiológicas: 1009–14. doi :10.1007/s00705-009-0395-8. PMID  19458901. S2CID  27491943.{{cite journal}}: Mantenimiento CS1: nombres numéricos: lista de autores ( enlace )