Patrón genético

GenePattern es un paquete de software de código abierto de biología computacional disponible de forma gratuita , creado y desarrollado originalmente en el Broad Institute para el análisis de datos genómicos . Diseñado para permitir a los investigadores desarrollar, capturar y reproducir metodologías de análisis genómico, GenePattern se lanzó por primera vez en 2004. GenePattern se desarrolla actualmente en la Universidad de California, San Diego .

Funcionalidad

GenePattern es un potente sistema de flujo de trabajo científico que proporciona acceso a cientos de herramientas de análisis genómico. Utilice estas herramientas de análisis como bloques de construcción para diseñar sofisticados procesos de análisis que capturen los métodos, parámetros y datos utilizados para producir resultados de análisis. Los procesos se pueden utilizar para crear, editar y compartir resultados reproducibles in silico.

Objetivos del proyecto

1. Accesibilidad: ejecute más de 200 herramientas de análisis y visualización actualizadas periódicamente (que admiten preprocesamiento de datos , análisis de expresión genética , proteómica , análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), citometría de flujo y secuenciación de próxima generación ) y cree flujos de trabajo analíticos sin ninguna programación a través de una interfaz de usuario de apuntar y hacer clic.
2. Reproducibilidad: seguimiento automatizado del historial y la procedencia con versiones para que cualquier usuario pueda compartir, repetir y comprender un análisis computacional completo
3. Extensibilidad: los usuarios computacionales pueden importar sus métodos y códigos para compartirlos utilizando herramientas que admiten una fácil creación e integración.
4. Interfaces múltiples: el navegador web, la aplicación y las interfaces programáticas hacen que los módulos de análisis y las canalizaciones estén disponibles para una amplia gama de usuarios; servidor público alojado

Características

• Un repositorio actualizado periódicamente de cientos de módulos de análisis computacional que admiten el preprocesamiento de datos, el análisis de la expresión genética , la proteómica , el análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), la citometría de flujo y la secuenciación de lectura corta. ^[2]
• Una interfaz programática que pone a disposición de biólogos computacionales y desarrolladores módulos de análisis de Python, Java, MATLAB y R.
• El entorno GenePattern Notebook : creado sobre el entorno Jupyter Notebook , GenePattern Notebook permite a los investigadores ejecutar análisis GenePattern dentro de cuadernos que intercalan texto, gráficos y código ejecutable, creando una única "narrativa de investigación".
• GParc: Repositorio y comunidad para que los usuarios de GenePattern compartan y discutan sus propios módulos GenePattern

Disponibilidad

GenePattern está disponible:

1. Como aplicación web pública y gratuita, ^[3] alojada en Amazon Web Services, los usuarios pueden crear cuentas, realizar análisis y crear canales en el servidor.
2. Como software de código abierto que se puede descargar e instalar localmente. ^[4]
3. Servidores web públicos alojados por otras organizaciones. ^[5]

Notas

1. "GenePattern: una plataforma para la bioinformática reproducible". GitHub . 5 de noviembre de 2021.
2. Kuehn, Heidi; Liberzon, Arthur; Reich, Michael; Mesirov, Jill P. (junio de 2008). "Uso de GenePattern para el análisis de la expresión génica". Protocolos actuales en bioinformática . 22 (1): 7.12.1–7.12.39. doi :10.1002/0471250953.bi0712s22. ISSN  1934-3396. PMC 3893799 . PMID  18551415. 
3. "GenePattern". cloud.genepattern.org . Consultado el 7 de mayo de 2012 .
4. "GenePattern: Descargar GenePattern". Broadinstitute.org. Archivado desde el original el 9 de mayo de 2012. Consultado el 7 de mayo de 2012 .
5. "Use GenePattern". genepattern.org. 2006-10-07. Archivado desde el original el 2012-06-07 . Consultado el 2012-05-07 .

Referencias

• El entorno del cuaderno GenePattern] Reich M, Tabor T, Liefeld T, Thorvaldsdóttir H, Hill B, Tamayo P, Mesirov JP. Cell Syst . 23 de agosto de 2017;5(2):149-151.e1. doi :10.1016/j.cels.2017.07.003. Publicación electrónica, 16 de agosto de 2017. PMID  28822753; PMC  5572818.
• Análisis genómico integrativo mediante interoperación de herramientas bioinformáticas en GenomeSpace Qu K, Garamszegi S, Wu F, Thorvaldsdottir H, Liefeld T, Ocana M, Borges-Rivera D, Pochet N, Robinson JT, Demchak B, Hull T, Ben-Artzi G, Blankenberg D, Barber GP, Lee BT, Kuhn RM, Nekrutenko A, Segal E, Ideker T, Reich M, Regev A, Chang HY , Mesirov JP. Métodos Nat . Marzo de 2016; 13 (3): 245-247. doi :10.1038/nmeth.3732. Publicación electrónica del 18 de enero de 2016. PMID  26780094; PMC  4767623.
• Uso de GenePattern para el análisis de la expresión génica] Kuehn, H., Liberzon, A., Reich, M. y Mesirov, JP Current Protocols in Bioinformatics . 2008. 22:7.12:7.12.1–7.12.39. doi :10.1002/0471250953.bi0712s22
• GenePattern 2.0 Michael Reich, Ted Liefeld, Joshua Gould, Jim Lerner, Pablo Tamayo y Jill P. Mesirov . Nature Genetics - 38 , 500-501 (2006) doi :10.1038/ng0506-500

Enlaces externos

• Sitio web oficial de GenePattern
• Sitio web oficial de GenePattern Notebook
• Parque Gp
• GenePattern en GitHub

Software relacionado:

• Espacio Genoma
• Visor de genómica integrativa