Club de Fútbol Pachuca Reservas y Academia son los equipos sub-20, sub-17 y sub-15 de la Liga MX Pachuca mexicana .
Pachuca Juniors jugó su única temporada en la Primera División A en la temporada 2004-05. Finalizada la temporada se vendió la licencia del club y cambió de nombre a Indios de Ciudad Juárez . Se reinició un nuevo equipo en la Segunda División 2005-06.
En la temporada 2007-08, el lugar de ascenso a Primera División A fue vendido a Chiapas y reformado como Jaguares de Tapachula . Un nuevo equipo volvió a afiliarse a Segunda División.
En la temporada 2008-09, el lugar de ascenso se le dio al Irapuato FC y Pachuca Juniors B de Tercera División aparentemente se convirtió en el nuevo Pachuca Juniors. El equipo terminó último (18º) en el Grupo V en la temporada 2009-10. [1]