La fase eliminatoria de la Liga de Campeones de la UEFA 2005-06 contó con los 16 equipos que terminaron en las dos primeras posiciones en cada uno de los ocho grupos de la fase de grupos . Se jugó como un torneo de eliminación simple , con eliminatorias en octavos de final, cuartos de final y semifinales disputadas a doble partido. Los primeros partidos de octavos de final se jugaron el 21 de febrero de 2006 y la final se jugó el 17 de mayo de 2006 en el Stade de France en Saint-Denis , cerca de París, Francia.
3-3 en total; El Villarreal ganó por los goles a domicilio.
4–4 en total; La Juventus ganó por los goles a domicilio.
Barcelona ganó 3-2 en el global.
Milán ganó 5-2 en el global.
Lyon ganó 5-0 en el global.
El Arsenal ganó 1-0 en el global.
El Benfica ganó 3-0 en el global.
Internazionale ganó 3-2 en el global.
2-2 en total; El Villarreal ganó por los goles a domicilio.
Milán ganó 3-1 en el global.
Barcelona ganó 2-0 en el global.
El Arsenal ganó 2-0 en el global.
El Arsenal ganó 1-0 en el global.
Barcelona ganó 1-0 en el global.