Moldear

Molden es un programa general de procesamiento de estructuras moleculares y electrónicas.

Características principales

• Lee la salida de los paquetes ab initio GAMESS (US) , Gaussian , MOLPRO , PySCF y de paquetes semiempíricos como MOPAC , y admite varios otros formatos.
• Muestra orbitales moleculares o densidad electrónica como gráficos de contorno o gráficos de cuadrícula 3D y los exporta a varios formatos gráficos.
• Anima trayectorias de reacción y vibraciones moleculares.
• Un editor de matriz Z.

El programa Molden ha sido probado en diferentes plataformas, a saber, Linux, Windows NT, Windows95, Windows2000, WindowsXP, MacOSX, Silicon Graphics IRIX, Sun SunOS y Solaris.

Ambfor, el módulo principal de campo de fuerza de Molden, es un programa externo que se puede inicializar desde Molden. Ambfor admite el campo de fuerza de proteínas Amber y GAFF (General Amber Force Field). El uso de Ambfor es automático cuando se estudia una proteína con Molden. El campo de fuerza GAFF se utiliza solo en moléculas pequeñas. Tanto Amber como GAFF se basan en cargas atómicas. Las diferencias radican principalmente en el coste computacional, siendo GAFF muy caro.

Molden puede leer varios formatos de archivos con información de cristal.

Véase también

• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• Lista de software para modelado de mecánica molecular
• CMBI

Referencias

1. "HISTORIA" . Consultado el 2 de mayo de 2013 .
2. "Plataformas actualmente en prueba" . Consultado el 3 de mayo de 2013 .
3. "CMBI: Copyright MOLDEN" . Consultado el 27 de noviembre de 2021 .

Molden: un programa de pre y posprocesamiento de estructuras moleculares y electrónicas. ^[1]

1. MOLDEN Review, Schaftenaar G, Noordik JH. Molden: un programa de pre y posprocesamiento para estructuras moleculares y electrónicas. J Comput Aided Mol Des. 2000 Feb;14(2) 123-134. doi:10.1023/a:1008193805436. PMID 10721501.