El Marco de información de neurociencia es un depósito de recursos web globales de neurociencia , incluidas bases de datos de neurociencia experimental , clínica y traslacional , bases de conocimientos, atlas y recursos genéticos / genómicos , y proporciona muchos enlaces autorizados en todo el portal de neurociencia de Wikipedia.
El Marco de Información sobre Neurociencia (NIF) es una iniciativa del Plan NIH para la Investigación en Neurociencia, que fue establecido en 2004 por los Institutos Nacionales de Salud . [1]
El desarrollo del NIF comenzó en 2008, cuando la Facultad de Medicina de la Universidad de California en San Diego obtuvo un contrato del NIH para crear y mantener "un inventario dinámico de datos, recursos y herramientas de neurociencias basados en la web al que los científicos y estudiantes pueden acceder a través de cualquier ordenador conectado a Internet". [2] [3] El proyecto está dirigido por Maryann Martone, codirectora del Centro Nacional de Investigación en Microscopía e Imágenes (NCMIR), parte del Centro multidisciplinario para la Investigación en Sistemas Biológicos (CRBS), con sede en UC San diego. Junto con los investigadores co-principales Jeffrey S. Grethe y Amarnath Gupta, Martone lidera una colaboración nacional que incluye investigadores de la Universidad de Yale , el Instituto de Tecnología de California , la Universidad George Mason , Harvard y la Universidad de Washington .
A diferencia de los motores de búsqueda generales , NIF proporciona un acceso mucho más profundo a un conjunto específico de recursos que son relevantes para la neurociencia, estrategias de búsqueda adaptadas a la neurociencia y acceso a contenido que tradicionalmente está "oculto" en los motores de búsqueda web . El NIF es un inventario dinámico de bases de datos de neurociencia, anotado e integrado con un sistema unificado de terminología biomédica (es decir, NeuroLex ). NIF admite consultas basadas en conceptos en múltiples escalas de estructura biológica y múltiples niveles de función biológica, lo que facilita la búsqueda y la comprensión de los resultados. El NIF también proporcionará un registro a través del cual los proveedores de recursos pueden revelar la disponibilidad de recursos relevantes para la investigación en neurociencia. El NIF no pretende ser un almacén o repositorio en sí, sino un medio para divulgar y localizar recursos disponibles en otros lugares a través de la web .
El NIFSTD, o NIF Standard Ontology contiene muchos de los términos, sinónimos y abreviaturas útiles para la neurociencia, así como categorías dinámicas como clases de células definidas basadas en diversas propiedades como neurona por neurotransmisor o por función de circuito o drogas de abuso según el National Institutos sobre el Abuso de Drogas. Cualquier término (con sinónimos asociados) o categoría dinámica (todos los términos con sus sinónimos) se puede utilizar para consultar simultáneamente todos los datos que el NIF indexa actualmente, encontrará varios ejemplos a continuación:
El contenido NIF se puede considerar como un catálogo (Registro NIF) y una búsqueda profunda en una base de datos (Federación de datos NIF).
Puede encontrar una lista de recursos actuales en www.neuinfo.org/registry
La idea del NIF es que, si bien las bases de datos científicas tienen una gran cantidad de interfaces, algunas bastante complejas, debería haber una forma uniforme de mirarlas y buscar en ellas. Esta idea de búsqueda uniforme se ha extendido a los servicios para que los desarrolladores puedan aprovechar el trabajo realizado en NIF para mejorar sus propias aplicaciones obteniendo acceso a todos los datos disponibles a través de la interfaz NIF.
Cuando los datos se hacen públicos mediante NIF, también pasan a estar inmediatamente disponibles a través de servicios web. Estos servicios web RESTful pueden considerarse funciones de programación que pueden integrarse en otras aplicaciones. Actualmente, los datos se pueden consultar y extraer como un feed XML y varios otros sitios ahora obtienen datos NIF a través de servicios, incluidos DOMEO y Eagle i. Los desarrolladores pueden aprender cómo acceder a los datos viendo el archivo WADL disponible en http://neuinfo.org/developers
A continuación se muestran algunos servicios RESTful públicos a los que los estudiantes pueden acceder o utilizar en la creación de aplicaciones:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
La URL contiene el texto que desea anotar, la entrada, que es "El cerebelo es algo maravilloso". Para cambiar esto puedes intentar usar cualquier otro texto. La salida del servicio devolverá la oración con una etiqueta SPAN que indica que reconoció el término cerebelo y que es un tipo de estructura_anatómica. Los términos que no se reconocen se devuelven sin etiquetas de extensión. Tenga en cuenta que el parámetro longOnly=true es opcional, lo que significa que solo se reconocerá el conjunto más largo de términos y en este ejemplo no hay diferencia, pero en términos como neurona del hipocampo solo devolverá una respuesta.
Los desarrolladores pueden usar las etiquetas span para recuperar información sobre el término reconocido porque el identificador es único y está vinculado a definiciones, sinónimos, otras regiones del cerebro y, en algunos casos, imágenes: para obtener una versión legible por humanos, consulte
* http://neurolex.org/wiki/Neuroscience_Information_Framework/Birnlex_1489
Para obtener una versión legible por máquina, consulte
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
El ejemplo anterior muestra el término finalización para "hipocampo", pero puedes intentar escribir en la URL cualquier otro conjunto de letras. El retorno del servicio es un conjunto de términos que coinciden con esta cadena, incluidos: Hippocampus y muchas células del hipocampo.
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
El Registro NIF es una fuente de datos y este servicio devolverá todos los elementos del registro que coincidan con el término de búsqueda particular. En este caso el término es miame, como en el estándar miame. Para utilizar esta función de recuperación de datos, puede escribir términos de consulta al final de esta URL además del término miame o en lugar del mismo. Esto funcionará de la misma manera que escribir sus términos en el cuadro de búsqueda aquí:
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
Nota, asegúrese de verificar los términos y condiciones de cualquier fuente de datos, los términos y condiciones están disponibles como cortesía en NIF, pero también puede consultar con las fuentes individuales que desee incorporar en sus aplicaciones, todo lo descrito anteriormente. Los datos son propiedad de NIF y están cubiertos bajo la licencia Creative Commons Attribution, por lo que pueden distribuirse y compartirse libremente.