La fase eliminatoria de la Liga de Campeones de la UEFA 1999-2000 comenzó el 4 de abril de 2000 y finalizó con la final en el Stade de France en Saint-Denis el 24 de mayo de 2000. Los dos primeros equipos de cada uno de los cuatro grupos de la segunda fase de grupos compitieron en la fase eliminatoria. Para los cuartos de final, cada ganador de grupo se enfrentó al azar con el segundo clasificado de otro grupo, y el ganador de grupo fue el anfitrión del partido de vuelta. A continuación, los cuatro ganadores de cuartos de final fueron sorteados para las semifinales, cuyos ganadores disputaron la final.
Cada partido de cuartos de final y semifinal se jugó a dos partidos, en los que cada equipo jugaba un partido en casa; el equipo que marcaba más goles en los dos partidos se clasificaba para la siguiente ronda. Si los dos equipos marcaban el mismo número de goles en los dos partidos, el equipo que marcaba más goles fuera de casa se clasificaba para la siguiente ronda; si ambos equipos marcaban el mismo número de goles fuera de casa, los partidos se disputaban en la prórroga con gol de oro y luego en la tanda de penaltis si los equipos no podían separarse después de la prórroga.
El Barcelona ganó 6-4 en el global.
El Valencia ganó 5-3 en el global.
El Real Madrid ganó 3-2 en el global.
El Bayern Múnich ganó 3-2 en el global.
El Real Madrid ganó 3-2 en el global.
El Valencia ganó 5-3 en el global.
La final se jugó el 24 de mayo de 2000 en el Stade de France en Saint-Denis , Francia.