El béisbol en los Juegos Olímpicos de Verano de 1988 fue un deporte de exhibición por séptima vez. Se convertiría en un deporte oficial cuatro años después en los Juegos Olímpicos de Verano de 1992. Ocho equipos compitieron en el Estadio de Béisbol de Jamsil en el torneo de béisbol. El formato utilizado fue el mismo que el del torneo de cuatro años antes. Cinco equipos que habían competido en el torneo de 1984 regresaron. Cuba se clasificó originalmente, pero se retiró como resultado del boicot .
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En la ronda preliminar se formaron dos grupos. Los equipos jugaron contra cada uno de los otros tres equipos de su división.
En las semifinales se enfrentaron el primer lugar de cada división contra el segundo lugar de la otra división. Así, Japón (3-0) jugó contra Corea (2-1), que tenía un récord empatado con Estados Unidos (2-1) pero había perdido en la competencia cara a cara contra ellos. Los primeros lugares estadounidenses jugaron contra Puerto Rico (2-1).
La final por el tercer puesto enfrentó a los perdedores de las semifinales entre sí, y el ganador se llevó el tercer lugar y el perdedor el cuarto.
Los ganadores de las semifinales se enfrentaron entre sí por el primer y segundo puesto. En una revancha de la final de 1984, el actual campeón, el equipo japonés, perdió ante Estados Unidos. Como el béisbol era un deporte de exhibición, no se entregaron medallas oficiales.