Gen unido

Un gen unido (CG) se define como un gen que da lugar a transcripciones mediante la combinación de al menos parte de un exón de cada uno de dos o más genes conocidos (progenitores) distintos que se encuentran en el mismo cromosoma, tienen la misma orientación y, a menudo (95 %) se traducen de forma independiente en proteínas diferentes. En algunos casos, las transcripciones formadas por CG se traducen para formar proteínas quiméricas o completamente nuevas.

Representación caricaturesca de la formación del gen conjunto AB a partir de los genes parentales A y B.

Se utilizan varios nombres alternativos para referirse a los genes unidos, incluidos gen combinado y gen complejo, ^[1] gen de fusión , proteína de fusión , transcripción de lectura continua, genes cotranscritos, genes puente, genes expansivos, genes híbridos, transcripciones que abarcan locus, etc.

En la actualidad, diferentes grupos de investigación de todo el mundo, incluidos Prakash et al., ^[2] Akiva et al., ^[3] Parra et al., ^[4] Kim et al., ^[5] y en el 1% del genoma humano en el proyecto piloto ENCODE, han identificado 800 CG en todo el genoma humano. ^[6] El 36% de todos estos CG se pudieron validar experimentalmente utilizando técnicas de RT-PCR y secuenciación. Sin embargo, solo se encuentra un número muy limitado de estos CG en los recursos públicos del genoma humano, como la base de datos Entrez Gene , el UCSC Genome Browser y la base de datos Vertebrate Genome Annotation (Vega) . Se ha descubierto que más del 70% de los genes humanos unidos se conservan en otros genomas de vertebrados, y los vertebrados de orden superior muestran una mayor conservación, incluido el ancestro humano más cercano, el chimpancé. La formación de CG no se limita únicamente al genoma humano, sino que también se han identificado algunos CG en otros genomas eucariotas, incluidos el de ratón y el de drosophila. Existen algunos recursos web que incluyen información sobre algunos CG además de otros genes de fusión, por ejemplo, ChimerDB y HYBRIDdb. Otra base de datos, ConjoinG, es un recurso integral dedicado únicamente a los 800 genes unidos identificados en todo el genoma humano.

Véase también

• Expresión genética

Referencias

1. Roginski, et al. (2004). "El gen humano GRINL1A define una unidad de transcripción compleja, una forma inusual de organización génica en eucariotas". Genomics . 84 (2): 265–276. doi :10.1016/j.ygeno.2004.04.004. PMID  15233991.
2. Prakash T, Sharma VK, Adati N, Ozawa R, Kumar N, et al. (octubre de 2010). Michalak P (ed.). "Expresión de genes unidos: otro mecanismo de regulación génica en eucariotas". PLOS ONE . ​​5 (10): e13284. Bibcode :2010PLoSO...513284P. doi : 10.1371/journal.pone.0013284 . PMC 2953495 . PMID  20967262. 
3. Akiva P, Toporik A, Edelheit S, et al. (enero de 2006). "Fusión génica mediada por transcripción en el genoma humano". Genome Research . 16 (1): 30–6. doi :10.1101/gr.4137606. PMC 1356126 . PMID  16344562. 
4. Parra G, Reymond A, Dabbouseh N, et al. (enero de 2006). "Quimerismo en tándem como medio para aumentar la complejidad proteica en el genoma humano". Genome Research . 16 (1): 37–44. doi :10.1101/gr.4145906. PMC 1356127 . PMID  16344564. 
5. Kim P, Yoon S, Kim N, et al. (noviembre de 2009). "ChimerDB 2.0: una base de conocimiento actualizada para genes de fusión". Nucleic Acids Research . 38 (número de la base de datos): D81–D85. doi :10.1093/nar/gkp982. PMC 2808913 . PMID  19906715. 
6. Denoeud F, Kapranov P, Ucla C, et al. (junio de 2007). "Uso destacado de sitios de inicio de transcripción distales 5' y descubrimiento de una gran cantidad de exones adicionales en regiones ENCODE". Genome Research . 17 (6): 746–59. doi :10.1101/gr.5660607. PMC 1891335 . PMID  17567994.