La fase eliminatoria de la Copa de la UEFA 2005-06 comenzó el 15 de febrero de 2006 y concluyó con la final en el Philips Stadion de Eindhoven , Países Bajos, el 10 de mayo de 2006. En la fase final participaron los 24 equipos que terminaron entre los tres primeros de cada grupo en la fase de grupos y los ocho equipos que terminaron en tercer lugar en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA .
Cada eliminatoria de la fase final, a excepción de la final, se jugó a ida y vuelta, y cada equipo jugó un partido en casa. El equipo que obtuvo el mayor puntaje total en los 2 partidos avanzó a la siguiente ronda. En caso de que el puntaje total terminara empatado, el equipo que anotó más goles fuera de casa en los 2 partidos avanzó. Si también había un empate en los goles fuera de casa, se jugaba una prórroga de 30 minutos . Si se marcaban goles durante la prórroga y el puntaje total seguía empatado, el equipo visitante se clasificaba en virtud de haber marcado más goles fuera de casa. Si no se marcaban goles durante la prórroga, se jugaba una tanda de penaltis después de la prórroga.
En la final, la eliminatoria se jugó a un solo partido en un estadio neutral. Si el marcador estaba empatado al final del tiempo reglamentario, se jugaba una prórroga y, si el marcador seguía empatado, se jugaban penales.
En el sorteo de los dieciseisavos de final se jugaron partidos entre el ganador de un grupo y el tercer clasificado de otro grupo, y entre el segundo clasificado de un grupo y el tercer clasificado de un grupo de la Liga de Campeones. La única restricción para el sorteo de los equipos en los dieciseisavos de final fue que los equipos no debían pertenecer a la misma federación nacional ni haber jugado en el mismo grupo en la fase de grupos. A partir de los dieciseisavos de final, estas restricciones no se aplicaron.
A los tres primeros equipos de cada grupo se unieron los ocho equipos que terminaron terceros en sus grupos en la Liga de Campeones .
El Estrasburgo ganó 2-0 en el global.
2-2 en el global. El Middlesbrough ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
2-2 en el global. Palermo ganó por el valor doble de los goles de visitante.
Steaua București ganó 3-2 en el global.
El Sevilla ganó 3-0 en el global.
El Marsella ganó 2-1 en el global.
Rapid București ganó 3-0 en el global.
El Basilea ganó 2-1 en el global.
El Udinese ganó 3-1 en el global.
El Zenit de San Petersburgo ganó 4-1 en el global.
La Roma ganó 4-2 en el global.
El Schalke 04 ganó 5-1 en el global.
El Lille ganó 3-2 en el global.
El Hamburger SV ganó 2-1 en el global.
El Real Betis ganó 3-2 en el global.
El Levski Sofia ganó 3-0 en el global.
Con un resultado global de 3-3, el Rapid Bucarest ganó gracias al valor doble de los goles marcados fuera de casa.
El Basilea ganó 4-2 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Middlesbrough ganó gracias a los goles de visitante.
Steaua București ganó 3-0 en el global.
El Schalke 04 ganó 3-1 en el global.
El Zenit de San Petersburgo ganó 2-1 en el global.
El Levski Sofia ganó 2-1 en el global.
El Sevilla ganó 2-1 en el global.
El Sevilla ganó 5-2 en el global.
El Middlesbrough ganó 4-3 en el global.
1-1 en total. Steaua București ganó por goles a domicilio.
El Schalke 04 ganó 4-2 en el global.
El Sevilla ganó 1-0 en el global.
El Middlesbrough ganó 4-3 en el global.
La final se jugó el 10 de mayo de 2006 en el Philips Stadion de Eindhoven , Países Bajos.