La laguna de Missolonghi ( en griego : Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου , Limnothalassa Mesolongiou ) es una laguna poco profunda situada en el sur de Etolia-Acarnania , Grecia occidental . Está conectada con el golfo de Patras , una bahía del mar Jónico . Tiene forma triangular y su ancho varía entre aproximadamente 15 a 20 km.
Su profundidad máxima es de 5 a 6 metros, aunque en la mayoría de los casos no llega a medio metro. La laguna está rodeada por varias islas. Cerca de la costa, la profundidad es de sólo 10 cm y es una zona pantanosa. En la laguna viven peces y algas. Estrabón llamó al lago Kynia .
La laguna Aitoliko se encuentra al norte de la laguna. Juntas forman el complejo de lagunas Missolonghi-Aitoliko .
La laguna fue parcialmente drenada en el siglo XX, especialmente en la parte occidental, en la que una parte del terreno se extendía hacia el sur con tierras de cultivo y diques. La isla de Aitoliko o, a veces, la península se extendía 15 km y 200 m, lo que la convierte en la extensión más larga; la mitad oriental se convirtió en un canal y se asemeja a un dique.