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Topología de proteínas

Topología de las cadenas beta en el motivo proteico de “clave griega” .

La topología de las proteínas es una propiedad de las moléculas de proteínas que no cambia bajo la deformación (sin cortar o romper un enlace).

Marcos

Se han desarrollado y aplicado dos marcos topológicos principales a las moléculas de proteínas.

Teoría de nudos

Teoría de nudos que clasifica los enredos de la cadena. El uso de la teoría de nudos se limita a un pequeño porcentaje de proteínas, ya que la mayoría de ellas no están anudadas.

Topología de circuitos

La topología de circuitos clasifica los contactos intracadena en función de sus disposiciones. La topología de circuitos es un factor determinante de la cinética de plegamiento de proteínas [1] y de su estabilidad. [2]

Otros usos

En la literatura de biología, el término topología también se utiliza para referirse a la orientación mutua de estructuras secundarias regulares , como las hélices alfa y las cadenas beta en la estructura de las proteínas [3] [1]. Por ejemplo, dos hélices alfa o cadenas beta adyacentes que interactúan pueden ir en la misma dirección o en direcciones opuestas. PDBsum proporciona diagramas de topología de diferentes proteínas con estructura tridimensional conocida (un ejemplo).

Véase también

Referencias

  1. ^ B. Scalvini et al., Principios topológicos del plegamiento de proteínas. Química física Química Física 23, 21316-21328 (2021)
  2. ^ J. Woodard et al., La topología de la cadena predice la patogenicidad de las mutaciones sin sentido. Proteínas: estructura, función y bioinformática 90(9) 1634-1644 (2022)
  3. ^ Rawlings, CJ; Taylor, WR; Nyakairu, J; Fox, J; Sternberg, M JE (1985). "Razonamiento sobre la topología de proteínas utilizando el lenguaje de programación lógica PROLOG". Journal of Molecular Graphics . 3 (4): 151–157. doi :10.1016/0263-7855(85)80027-8.

Enlaces externos