La ribotipificación es una técnica molecular para la identificación y caracterización bacteriana que utiliza información de análisis filogenéticos basados en ARNr. [1] Es un método rápido y específico ampliamente utilizado en el diagnóstico clínico y el análisis de comunidades microbianas en alimentos, agua y bebidas. [1]
Todas las bacterias tienen genes ribosomales , pero la secuencia exacta es única para cada especie y funciona como una huella genética. Por lo tanto, la secuenciación del gen 16S en particular y su comparación con una base de datos permitiría identificar la especie en particular. [2]
La ribotipificación implica la digestión del ADN genómico bacteriano con enzimas de restricción específicas . Cada enzima de restricción corta el ADN en una secuencia de nucleótidos específica, lo que da como resultado fragmentos de diferentes longitudes. [3]
Estos fragmentos se pasan luego a una electroforesis en gel , donde se separan según su tamaño: la aplicación de un campo eléctrico al gel en el que están suspendidos provoca el movimiento de los fragmentos de ADN (todos ellos cargados negativamente debido a la presencia de grupos fosfato) a través de una matriz hacia el extremo del campo cargado positivamente. Los fragmentos pequeños se mueven con mayor facilidad y rapidez a través de la matriz, alcanzando una distancia mayor desde la posición inicial que los fragmentos más grandes.
Tras la separación en la matriz de gel, los fragmentos de ADN se trasladan a membranas de nailon y se hibridan con una sonda de ARNr marcada con 16S o 23S. De esta forma, solo se visualizan y pueden analizarse los fragmentos que codifican dicho ARNr. [4] A continuación, el patrón se digitaliza y se utiliza para identificar el origen del ADN mediante una comparación con organismos de referencia en una base de datos informática. [1]
Conceptualmente, la ribotipificación es similar al sondeo de fragmentos de restricción de ADN cromosómico con sondas clonadas (sondas clonadas aleatoriamente o sondas derivadas de una secuencia codificante específica como la de un factor de virulencia ). [5]